工艺用水在制药企业防止污染及作为制药用水方面至关重要。因为它不仅作为产品的一个成分，而且需用其洗涤或冷却。
药品的微生物污染的关键环节在于工艺用水，因为水是微生物生长代谢的一个必要成分。
水中的微生物种类较多见的有：假单胞菌属、产碱杆菌属、产黄菌属、产色细菌属和沙雷菌属等。这些细菌营养要求不高，适宜温度较低，一般来自土壤侵蚀、雨水冲刷及腐败动植物的污染。
垃圾和工业废液污染的水源中约98%含有革兰阴性细菌、微球菌属、噬细胞菌属，此外还有酵母菌、类酵母菌和放线菌。
那么，制药用水有什么标准呢？
制药过程中，用水的质量还是非常严格的，根据工艺需要选择饮用水、纯化水或注射用水。
一般来说，制备注射剂必须采用注射用水，制备口服制剂需用纯化水。（中国药典收载了纯化水和注射用水的质量标准。）
常用的对水消毒的方法，与空气消毒的方法一样，也是化学消毒剂、过滤与紫外线照射3种。
化学消毒剂方法较常用，效果也最好，常使用次氯酸钠或通氯气。
紫外线照射法适用于需要特殊处理的水，例如对光学透明度要求高的，一般来说在末端之前。与化学消毒剂相比，经过处理的水无臭无味；与膜滤器相比，不会产生微生物移居滤器的现象。
制药用水系统，应该将这三种方法综合应用，安装在合适的位置。除此之外，水系统中的设备、管道消毒也属于制药用水消毒。
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