1.医药企业多、小、散、乱的问题突出，缺乏大型龙头企业。
全国医药工业企业3613家，其中大型企业423家，只占总数的11.7％。多数企业专业化程度不高，缺乏自身的品牌和特色品种。
大多数企业不仅规模小、生产条件差、工艺落后、装备陈旧、管理水平低，而且布局分散，企业的生产集中度远远低于先进国家的水平。XX年，我国医药工业销售额最大的60家企业的生产集中度是35.7%，而世界前20家制药企业的销售额占全世界药品市场份额的60%左右。
2.以企业为中心的技术创新体系尚未形成。
新药创新基础薄弱，医药技术创新和科技成果迅速产业化的机制尚未完全形成，医药科技投入不足，缺少具有我国自主知识产权的新产品，产品更新慢，重复严重。
化学原料药中97％的品种是“仿制”产品。老产品多、新产品少；低档次与低附加值产品多、高技术含量与高附加值产品少；重复生产品种多、独家品牌少。
有些产品如庆大霉素、扑热息痛、维生素b1、甲硝唑等制剂有几十家甚至上百家企业生产。即便是新产品，重复生产现象也很严重，如二类新药左旋氧氟沙星制剂就有34个企业生产、克拉霉素制剂有35个企业生产。应用高新技术改造传统产业的步伐较慢。多数老产品技术经济指标不高，工艺落后，成本高，缺乏国际竞争能力。
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