1、无菌室的整体布局
从总体布局上看，无菌室的墙壁、地面和天花板要求表面平整光滑、易于清洗，不易渗漏液体，并能抵抗常用消毒剂的腐蚀。无菌室一般要求要完全密闭，并保持好日常卫生，以防止室外不净气体和部分昆虫进入，与外界应有完善的物流窗和高效空气过滤除菌设备。
无菌室内应各有工作浓度的常用消毒液，如苯酚酸(碱)溶液，75％的酒精，0.1％的新洁尔灭溶液等。
无菌室的位置一般要求建在人员流动较少的地方，距离普通的办公环境或者微生物准备室要有一定的距离。无菌室内必须配备相应的缓冲工作间用于摆放专用白大褂或专用衣帽等。
无菌室中的物流窗应避免与空气产生直接对流，最好不要正对着无菌室大门；空调需有可靠的多重高效过滤除菌系统；所有照明和紫外灯电源总开关应设置于无菌室门口或门外。无菌室整个布局设计应按照人、物分离原则，防止交叉污染。
此外，在人员通道可配备高效风淋室以减少实验人员带入的污染。对无菌室和其内部的超净工作台、生物安全柜都必须进行定期监测和日常维护，并有监测和维护记录。日常维护主要包括紫外线灯擦拭、滤网擦洗更换、空气消毒及全面清洁卫生等。
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